Cụ thể, trong Dự thảo Nghị định trên, Bộ Tài chính bãi bỏ toàn bộ Điều 35 Nghị định 08. Đồng thời quy định, thời gian chuyển tiếp của điểm sửa đổi pháp lý này là 1 năm tính từ thời điểm Nghị định mới có hiệu lực. Điều này đồng nghĩa rằng, khi Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định 08 được ban hành và chính thức có hiệu lực thì các doanh nghiệp có hoạt động XNKTC sẽ còn 12 tháng để bắt buộc phải chuyển sang cơ chế quản lý hải quan mới.

Theo lập luận của Bộ Tài chính, việc bãi bỏ Điều 35 Nghị định 08 là hợp lý và tạo thuận lợi cho cả doanh nghiệp và cơ quan hải quan. Nếu bãi bỏ quy định này, các doanh nghiệp có thể tiết kiệm được 36,7 tỷ đồng/năm lệ phí hải quan (tờ khai hải quan); cùng với đó là chi phí về thời gian và nguồn lực. Trong khi đó, các cơ quan hải quan sẽ tiết giảm nhiều thủ tục hành chính, thời thời gian, nhân lực để thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa XNKTC.

Nhiều hiệp hội ngành hàng đề xuất giữ lại các quy định về quản lý hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ trong Nghị định 08/2015/NĐ-CP

Ngoài ra, Bộ Tài chính cũng cho rằng, việc bãi bỏ Điều 35 Nghị định 08 không làm ảnh hưởng nhiều đến hoạt động của các doanh nghiệp thuộc phạm vi điều chỉnh của quy định này. Bởi các doanh nghiệp có hoạt động nhập khẩu để gia công xuất khẩu (hiện quy định tại Điểm a, Khoản 1, Điều 35) và các doanh nghiệp chế xuất (quy định tại Điểm b, Khoản 1, Điều 35) sẽ vẫn tiếp tục được thực hiện hoạt động XNKTC theo hướng dẫn tại Điều 86, Thông tư số 38/2015/TTBTC.

Chỉ riêng trường hợp các doanh nghiệp có hoạt động mua bán hàng hóa với tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam và được thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng hóa tại Việt Nam thì mới phải đánh giá, phân loại để áp dụng các hình thức quản lý phù hợp.

Theo đó, có 4 trường hợp cần phân loại để áp dụng cách xử lý phù hợp.

Cũng theo Bộ Tài chính, việc bãi bỏ Điều 35 Nghị định 08 và đưa ra các phương án quản lý thay thế như kể trên là phù hợp với các quy định tại Luật Quản lý ngoại thương, đồng thời quản lý đúng bản chất của từng loại hình giao dịch mua bán giữa các doanh nghiệp.

Tuy nhiên, hàng loạt các doanh nghiệp, hiệp hội ngành hàng đã có nhiều phản ứng. Nhìn chung các kiến nghị cho rằng, việc bỏ các quy định về XNKTC là “lợi bất cập hại”, vì sẽ làm xáo trộn, thay đổi toàn bộ thông lệ kinh doanh quốc tế của các doanh nghiệp hoạt động theo phương thức gia công. Việc xóa bỏ quy định XNKTC cũng sẽ tạo ra gánh nặng chi phí cho các doanh nghiệp do phát sinh thuế và các thủ tục liên quan. Nhất là hiện nay chưa có cơ chế hoàn thuế đối với nguyên liệu, vật liệu, linh kiện nhập khẩu để sản xuất xuất khẩu.

Về mặt vĩ mô, việc bỏ quy định XNKTC cũng sẽ không khuyến khích phát triển nguyên vật liệu sản xuất trong nước do các đối tác sẽ chuyển sang nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài để được hưởng ưu đãi về thuế nhập khẩu. Bên cạnh đó, các doanh nghiệp Việt sẽ không tận dụng được các ưu đãi về thuế trong các FTA do không đáp ứng được các quy tắc xuất xứ và tỷ lệ nguyên liệu nhập khẩu gia tăng. Chính vì vậy, Bộ Tài chính cần có những đánh giá tác động toàn diện và đầy đủ nhằm cân đối hài hòa lợi ích quốc gia cũng như những lợi thế cạnh tranh quốc tế của các ngành hàng xuất khẩu chủ lực để có ứng xử phù hợp với loại hình kinh doanh XNKTC.