Đại diện Công ty TNHH Itochu Việt Nam (100% vốn Nhật Bản) cho biết, khi hoạt động tại thị trường Việt Nam, công ty đã đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo quy định, nhưng Cục Thuế TP. Hồ Chí Minh chậm giải quyết hồ sơ hoàn thuế kéo dài đến 2 năm. Lý do đưa ra là do cơ quan này xác định công ty có phát sinh chênh lệch số thuế GTGT đầu vào hạch toán trên sổ kế toán và trên tờ khai thuế GTGT khi đối chiếu hàng tháng và công ty có mua hàng của các nhà cung cấp có rủi ro về hóa đơn phải yêu cầu xác minh.

Mặc dù, công ty đã giải trình nhiều lần về giao dịch mua bán hàng hoá và các khoản chênh lệch giữa sổ kế toán, tờ khai thuế chỉ là chênh lệch tạm thời do ghi nhận lệch kỳ, nhưng đến nay Cục Thuế vẫn chưa kết luận chính thức và có hướng giải quyết dứt điểm. Điều này làm ảnh hưởng đến dòng tiền, cũng như kế hoạch kinh doanh của công ty, bởi số tiền hoàn thuế lên đến hàng chục tỷ đồng, đại diện Công ty Itochu chia sẻ.

Việc chậm trễ trong xử lý hồ sơ hoàn thuế của các doanh nghiệp FDI đã gây ảnh hưởng lớn về dòng tiền của những công ty

Tương tự, trường hợp của Công ty TNHH Thép Vina Kyoei cũng đang có số tiền thuế chưa được Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu hoàn lại lên đến hơn 88 tỷ đồng. Doanh nghiệp sản xuất thép này được Cục Thuế kiểm tra hoàn thuế GTGT tại công ty từ tháng 2/2023. Tuy nhiên, sau gần 1 năm rưỡi, đoàn kiểm tra mới gửi biên bản kiểm tra, trong đó kết luận công ty không đủ điều kiện hoàn thuế cho toàn bộ số thuế GTGT xin hoàn của doanh nghiệp với tổng số tiền nêu trên.

Sở dĩ có kết luận nêu trên là do Đoàn kiểm tra căn cứ vào việc công ty có mua hàng của 8 nhà cung cấp thuộc các trường hợp rủi ro cao về thuế và hóa đơn để từ chối hoàn thuế. Công ty đã cung cấp đầy đủ tài liệu để chứng minh các giao dịch của mình với các nhà cung cấp này là có thật và thực tế diễn ra. Chính vì vậy, Công ty Thép Vina Kyoei cho rằng, kết luận của đoàn kiểm tra là thiếu cơ sở pháp lý theo các quy định hiện hành về hoàn thuế GTGT.

Trước tình trạng này, ông Takahisa Onose, đại diện nhóm thuế và hải quan của VBF nhấn mạnh, các doanh nghiệp FDI khi đầu tư vào Việt Nam thường nghiên cứu kỹ về các quy định luật pháp, nên khi nhận được văn bản yêu cầu của cơ quan quản lý chức năng đã nhanh chóng, tích cực bổ sung giấy tờ theo yêu cầu, nhưng việc hoàn thuế của cơ quan chức năng vẫn... ì ạch.

Theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, cơ sở kinh doanh có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

Trường hợp cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kết quả kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế. Còn đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định… Tất cả những vấn đề này cũng đã quy định rõ tại Thông tư 80/2021/TT-BTC.

“Việc chậm trễ trong xử lý hồ sơ hoàn thuế của các doanh nghiệp FDI đã gây ảnh hưởng lớn về dòng tiền của những công ty này, gây khó khăn không nhỏ cho doanh nghiệp. Nếu vấn đề không sớm được giải quyết sẽ ảnh hưởng đến niềm tin của nhà đầu tư trong quá trình thực hiện chính sách hoàn thuế của Chính phủ, tác động tiêu cực đến môi trường đầu tư tại Việt Nam”, ông Takahisa Onose nói.

Chính vì vậy, đại diện các doanh nghiệp FDI đề nghị UBND TP. Hồ Chí Minh, cũng như Cục Thuế một số tỉnh thành mà doanh nghiệp có vướng mắc khẩn trương có hướng chỉ đạo xử lý dứt điểm hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong thời gian sớm nhất, nhằm bảo vệ quyền lợi chính đáng cho nhà đầu tư, giúp các doanh nghiệp yên tâm sản xuất kinh doanh.

Trước những vấn đề mà các doanh nghiệp FDI nêu lên, ông Võ Văn Hoan, Phó chủ tịch UBND TP. Hồ Chí Minh khẳng định, thành phố và các tỉnh thành sẵn sàng hợp tác, đồng hành cùng các doanh nghiệp, đặc biệt các doanh nghiệp FDI trong giải quyết các vấn đề khó khăn, vướng mắc liên quan đến cơ chế, chính sách, hỗ trợ doanh nghiệp FDI nâng cao hiệu quả sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, tạo môi trường thuận lợi thu hút nhà đầu tư. Từ đó, khuyến khích nhà đầu tư có sự cam kết đầu tư dài hạn, tuân thủ đúng quy định luật pháp Việt Nam trong mọi lĩnh vực, để từ đó góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế tại TP. Hồ Chí Minh, vùng Đông Nam bộ, ĐBSCL và cả nước.